尽管氢能源有着无与伦比的清洁能源的优势，但在实际应用中，也面临着不少劣势。

       第一，技术难题。因为日本在氢能源开发利用比较早，所以大部分专利都在日本人手上，因此其他国家在开发时会面临很多技术壁垒和难题，这是其他国家不愿意面对的。

       第二，安全问题。尽管现在储氢及设备很高效，但是目前技术上无法解决的是储氢设备遇到高温或者碰撞之后的泄露及氢气爆炸问题。

       第三，基础设施配套问题。目前加氢站与普通加油站相比，投资比较大，还面临着运氢及加氢设施和设备配套问题。

       第四，还是成本问题。以上三个因素都造成了制氢、储氢、运氢、加氢及配套设备的成本过高，跟其他新能源没有优势。

       相比之下，我国有着巨大的水力资源、沙漠资源（也可以转化为风能和太阳能资源）和特高压输电技术。而且充电设备成本也要廉价和方便的多。因此，氢燃料电池只是部分实验性的发展方向，而光伏、风电及锂电池等新能源才成为了目前中国的主要发展主流。